Stagione è iniziata da sole tre giornate e comincia già a cambiare la classifica con le decisioni della commissione disciplinare. Infatti la suddetta commissione, presieduta da Claudio Franchini, per alcune inadempienze relative alla stagione sportiva 2011/12 ha penalizzato 3 squadre di Lega Pro, tra le quali risulta il Perugia. Ecco dunque la nuova graduatoria, dopo la penalizzazione alla squadra umbra.
Perugia 8;
Benevento e Latina 6;
Avellino, Pisa e Frosinone 5;
Gubbio, Sorrento, Paganese e Viareggio 4;
Prato 3;
Nocerina e Andria 2;
Barletta 1;
Carrarese 0.